Toto je seznam destinací Českých aerolinií aktuální k roku 2015.
Pravidelné linky
Pokud je část nabízených letů nalétávána code-share partnery, je jméno partnerské letecké společnosti uvedeno v závorce (CS XYZ).
Vnitrostátní destinace
- Karlovy Vary – mezinárodní letiště Karlovy Vary (další základna)
- Ostrava – mezinárodní letiště Leoše Janáčka (CS Job Air CCA)
- Praha – mezinárodní letiště Ruzyně (hlavní základna)
Světové destinace
Asie
Evropa
- Benátky – mezinárodní letiště Benátky - sezónní linka
- Florencie – mezinárodní letiště Peretola
- Milán – mezinárodní letiště Malpensa
- Řím – mezinárodní letiště Leonarda da Vinciho
- Düsseldorf – mezinárodní letiště Düsseldorf
- Frankfurt nad Mohanem – mezinárodní letiště Frankfurt nad Mohanem
- Hamburg – mezinárodní letiště Fuhlsbüttel
- Hannover – mezinárodní letiště Langenhagen
- Mnichov – mezinárodní letiště Mnichov
- Stuttgart – mezinárodní letiště Echterdingen
- Varšava – mezinárodní letiště Frédérica Chopina
- Lodž – mezinárodní letiště Lodz-Lublinek
- Řešov – mezinárodní letiště Řešov-Jasionka
- Jekatěrinburg – mezinárodní letiště Koltsovo (CS Ural Airlines)
- Moskva – mezinárodní letiště Šeremetěvo (CS Aeroflot)
- Petrohrad – mezinárodní letiště Pulkovo
- Rostov na Donu – mezinárodní letiště Rostov na Donu (CS Donavia)
- Samara – mezinárodní letiště Kurumoč
Linky z Karlových Varů
ČSA operuje také pravidelné linky z Karlových Varů.
- Moskva – mezinárodní letiště Šeremetěvo (CS Aeroflot) – (Praha–Moskva–Karlovy Vary–Moskva–Praha)
- Petrohrad – mezinárodní letiště Pulkovo – (Praha–Petrohrad–Karlovy Vary–Petrohrad–Praha)
- Samara – mezinárodní letiště Kurumoč
Charterové linky
Charterové linky obstarává samostatná pobočka Českých aerolinií, cestovní kancelář HOLIDAYS Czech Airlines a také České aerolinie Chartery. Charterové lety jsou v současnosti obsluhovány dvěma Boeingy 737-400 (v barvách Holidays) a dvěma Airbusy A321-200 (ve starých barvách ČSA).
Afrika
- Hurghada – mezinárodní letiště Hurghada
- Šarm aš-Šajch – mezinárodní letiště Šarm aš-Šajch
- Taba – mezinárodní letiště Taba
Asie
Evropa
- Ancona – mezinárodní letiště Falconara
- Bari – mezinárodní letiště Karla Wojtyly
- Cagliari – mezinárodní letiště Maria Mameliho
- Catania – mezinárodní letiště Vincenza Belliniho
- Palermo – mezinárodní letiště Punta Raisi
- Reggio di Calabria – mezinárodní letiště Tita Minnitiho
- Malta – mezinárodní letiště Luqa
- Chania – mezinárodní letiště Ioannise Daskalogiannise
- Hérakleion – mezinárodní letiště Nikose Kazantzakise
- Kefalonia – mezinárodní letiště na ostrově Kefalonia
- Korfu – mezinárodní letiště Ioannise Kapodistriase
- Kós – Hippokratésovo mezinárodní letiště
- Mytiléna – mezinárodní letiště Odyssea Elytise
- Preveza – mezinárodní letiště Aktion
- Rhodos – mezinárodní letiště Diagoras
- Samos – mezinárodní letiště Samos
- Santorini – národní letiště Santorini
- Zakynthos – mezinárodní letiště Dionýsa Solomose
- Las Palmas de Gran Canaria – mezinárodní letiště Gran Canaria
- Lanzarote – mezinárodní letiště Lanzarote
- Palma de Mallorca – mezinárodní letiště Son Sant Joan
- Santiago de Compostela – mezinárodní letiště Lavacolla
- Sevilla – mezinárodní letiště svatého Pavla
- Valencie – mezinárodní letiště Manises
Jižní Amerika
Zaniklé destinace
Afrika
- Káhira – mezinárodní letiště Káhira (pozastaveno v září 2011)
Asie
- Aleppo – mezinárodní letiště Aleppo
- Damašek – mezinárodní letiště Damašek (pozastaveno v září 2011)
- Hanoj – mezinárodní Letiště Nội Bài
- Ho Či Minovo město – mezinárodní letiště Ho Či Minovo město
- Singapur – mezinárodní letiště Changi
Austrálie
Evropa
- Berlín – mezinárodní letiště Tegel
- Dortmund – mezinárodní letiště Dortmund
- Kolín nad Rýnem/Bonn – mezinárodní letiště Kolín/Bonn
- Birmingham – mezinárodní letiště West Midlands
- Edinburgh – mezinárodní letiště Edinburgh
- Glasgow – mezinárodní letiště Glasgow
- Londýn – mezinárodní letiště Heathrow
- Londýn – mezinárodní letiště Gatwick
- Londýn – mezinárodní letiště Stansted
- Manchester – letiště Manchester
Jižní Amerika
Severní Amerika
- Gander – mezinárodní letiště Gander
- Montreal – mezinárodní letiště Pierra Elliota Trudeaua
- Toronto – mezinárodní letiště Lestera B. Pearsona
- Chicago – mezinárodní letiště O'Hare
- Detroit – mezinárodní letiště Metropolitan Wayne County
- Fort Lauderdale – mezinárodní letiště Fort Lauderdale-Hollywood
- Houston – mezikontinentální letiště George Bushe
- Newark – mezinárodní letiště Liberty
- New York – mezinárodní letiště Johna F. Kennedyho