مسجد بی‌بی خانم یا مسجد بی‌بی خاتون یکی از بناهای بنام سمرقند است. بی‌بی خانم نام همسر تیمور بود. تیمور پس از لشکرکشی خود به هندوستان، تصمیم گرفت مسجدی بزرگ را در پایتخت کشور بزرگ خود، سمرقند بسازد.
دیوار خارجی این بنا (ببینید) ۱۶۷ متر درازا و ۱۰۹ متر پهنا و بلندترین نقطه آن (نوک گنبد) ۴۰ متر بلندی و ورودی آ ن هم ۳۵ متر بلندی دارد. قرآن مرمری بزرگی هم در حیاط آن است.