مَرغیلان یا مَرغینان (ازبکی: Marg‘ilon / Марғилон؛ روسی: Маргилан) شهری با جمعیت ۱۹۷،۰۰۰ تن (در ۲۰۰۹ میلادی) در استان فرغانه در شرق ازبکستان است. در پهنای جغرافیایی ۱۶ '۲۸°۴۰ شمالی و درازای جغرافیایی ۲۹ '۴۳°۷۱ و در بلندای ۴۸۷ متر از سطح دریا جای دارد.
در افسانه‌های اروپایی آمده‌است که مرغیلان را اسکندر مقدونی ساخته‌است. در هنگام توقف برای ناهار به او مرغ و نان داده‌اند از این رو نام این شهر مرغینان نهاده شد! نگاشته‌های معتبرتر مرغیلان را یکی از توقفگاه‌های جادهٔ ابریشم در سدهٔ نهم میلادی یاد می‌کند که در کنار راهی است که از کوهستان آلای می‌گذرد و به کاشغر می‌رسد.
نوشته‌هایی دربارهٔ بابر پایه‌گذار دودمان مغول هندوستان از آغاز سدهٔ شانزدهم میلادی، از انارها و زردآلوهای بسیار خوب این شهر یاد کرده‌است.... شکارگاه‌های مرغیلان خوب است و در آن نزدیکی آهوی سفید یافت می‌شود. سَرت‌ها ساکنان این شهر اند. آنان مردمی چابک اند و با کارهای دستی روزگار می‌گذرانند. آیین جن‌گیری در فرارود بسیار رواج دارد و پرآوازه‌ترین جن‌گیرها از سمرقند، بخارا و مرغیلان اند. نویسندهٔ کتاب هدایت (برهان‌الدین علی بن ابوبکر مرغیلانی) از یکی از روستاهای مرغیلان به نام رِشتان یا رَشتان برخاسته‌است. [۱] این آوازهٔ سخت‌کوشی تا روزگار کنونی ادامه یافته‌است. بازرگانان مرغیلان نقشی کلیدی در بازرگانی آسیای میانه بازی می‌کردند و تا روزگار شوروی مرغیلان قلب بازار سیاه ازبکستان بوده‌است. اکنون مرغیلان مرکز نیرومند اسلام‌گرایی است.